En prenant l’exemple du Burkina Faso, où les migrations du milieu rural vers le milieu urbain continuent d’alimenter abondamment le processus d’urbanisation, cette recherche teste les effets nets de la migration sur le différentiel de mortalité entre milieux urbains et ruraux chez les adultes de 15 à 74 ans. Elle s’appuie sur les informations recueillies dans les observatoires de population situés à la campagne (Nouna) et en ville (Ouagadougou) sur une période récente (2009-2013). Les données longitudinales sont exploitées avec un modèle semi-paramétrique de Cox. Dans un milieu rural où les conditions sanitaires sont peu favorables, ce sont les individus en bonne santé qui migrent en direction des villes, renforçant ainsi à court terme l’avantage sanitaire urbain. Malgré cette sélection d’abord positive en termes de santé, ils perdent leur avantage sanitaire au fil du temps avec la résidence en milieu urbain, ce qui constitue probablement un frein à la transition de la mortalité à l’échelle du pays, dans la mesure où ces derniers étaient en meilleure santé dans leur milieu d’origine. Pour les migrants de retour (rural-urbain-rural), on n’observe pas d’effet de sélection. Au-delà des effets de composition et de contexte, la sélection positive des migrants rural-urbain contribue à exacerber le désavantage sanitaire du milieu rural vis-à-vis du milieu urbain.