Bien que l’Ouganda fasse partie des premiers pays subsahariens à avoir instauré un programme d’enseignement primaire universel en 1997, environ 6 % des enfants âgés de 9 à 11 ans n’avaient jamais été scolarisés en 2014. L’analyse d’un échantillon de 10 % de la population en 2014 met en évidence des inégalités régionales frappantes. Au moyen de régressions logistiques, cet article compare la sous-région du Karamoja avec le reste du pays et avec le pays dans son ensemble. Les analyses multiniveaux réalisées montrent que le niveau d’instruction du chef de ménage et l’indice de richesse du ménage influencent la scolarisation des enfants, toutes régions confondues. Par ailleurs, alors que le sexe de l’enfant n’a pas d’effet significatif au niveau national, la probabilité de n’avoir jamais été scolarisé se révèle significativement plus grande pour les filles du Karamoja, et pour les garçons dans le reste de l’Ouganda. Les attentes et les contraintes liées au genre diffèrent, et les politiques publiques doivent en tenir compte. Ces résultats remettent en question la validité des modèles appliqués uniquement au niveau national dans un contexte de forte hétérogénéité spatiale.